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viernes, 5 de junio de 2020

Las causas de muerte durante la pandemia en la CDMX







El 25 de mayo, Mario Romero y Laurianne Despeghel presentaron en este espacio una estimación del exceso de mortalidad para 2020 en la Ciudad de México. Para realizarla, los autores utilizaron una búsqueda binaria de actas de defunción en el sitio del Registro Civil de la Ciudad de México. Después de leer sobre el ingenioso método y consultar el sitio del Registro Civil, decidimos extender su estudio analizando las causas de defunción asentadas en alrededor del 97 %1 de las actas de defunción emitidas en la Ciudad de México durante los meses de abril y mayo, los de mayor actividad de la pandemia hasta ahora.

Estos datos nos permitieron encontrar respuestas a las siguientes preguntas: ¿Cuántas actas de defunción mencionan COVID-19 en la Ciudad de México durante abril y mayo? ¿Qué otras causas de muerte registradas en las actas de defunción podrían tener un vínculo con COVID-19? Y, ¿cómo luce la curva epidémica si se crea utilizando la información de las actas de defunción?

Encontramos que 7 198 actas de defunción emitidas durante abril y mayo en la Ciudad de México mencionan2 “COVID-19” entre las causas de muerte, confirmando una brecha entre los números reportados a nivel federal y lo registrado en las actas de defunción de la ciudad. Nuestro análisis muestra que una de cada cinco actas que mencionan “neumonía atípica" no mencionan "COVID-19" como causa, y una de cada 10 que menciona "neumonía viral" tampoco lo hace. Finalmente, observamos un máximo en la curva de defunciones de la Ciudad de México alrededor del 18 de mayo.


Datos
Comenzamos por extraer los datos relevantes del sitio del Registro Civil de la Ciudad de México. Para hacerlo, primero definimos los folios de las actas a consultar. Decidimos analizar los datos de las actas de defunción de abril y mayo3 registradas en los juzgados4 que han permanecido abiertos durante la pandemia. Estas actas de defunción suman alrededor del 97 % del total de la ciudad en estos dos meses, de acuerdo a las estimaciones de Romero y Despeghel. Para obtener los folios correspondientes a esas actas usamos la búsqueda binaria descrita en su texto.5 Para el juzgado 51, que emitió 32 % de las actas, incluímos los folios correspondientes a todo 2020 para poder realizar un análisis más extenso.

Una vez que los folios fueron determinados, realizamos una consulta secuencial de las actas de defunción correspondientes. El 26 de mayo, apenas un día después de la publicación de Un folio, un deceso, el sitio del Registro Civil usado por Romero y Despeghel fue modificado. Ahora requiere de un CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) para la validación de cada consulta. Esta prueba hace imposible la recolección de datos sin interacción humana. Para cumplir con las nuevas reglas y poder obtener los datos necesarios para este este trabajo, utilizamos un servicio de crowdworkers (personas que ejecutan remotamente simples tareas repetitivas), quienes resolvieron el CAPTCHA correspondiente a la consulta de cada acta. Una vez resuelto el CAPTCHA, el programa que escribimos realizaba la solicitud correspondiente y almacenaba la fecha de defunción y las causas de muerte de cada acta. Este proceso es completamente análogo a visitar cada una de las actas manualmente y recolectar estos campos. Nuestro método simplemente permite acelerar una tarea repetitiva en un sitio abierto al público utilizando crowdworkers. Con el fin de evitar cualquier saturación en el sistema, nuestro método realizó una solicitud cada cinco segundos. Es necesario resaltar que el interés de este ejercicio es sólo respecto a las causas de defunción, por lo que no se recolectaron ni analizaron datos personales de las actas de defunción.

A partir de este procedimiento construimos una base de datos que incluye las causas de muerte registradas en 20 900 actas de defunción emitidas por los juzgados 13, 14, 16, 18, 19 y 51 del Registro Público de la Ciudad de México en abril (8 672 actas) y mayo (12 228 actas) de 2020. La siguiente gráfica ilustra el número de actas por juzgado y mes.

Actas de defunción emitidas en la Ciudad de México, abril y mayo 2020

Resultados
Como se ha descrito en otros espacios, las causas de muerte registradas en las actas de defunción pueden ser expresadas de diversas maneras. Por ejemplo, los términos Coronavirus, COVID, COVID19 o SARS-COV2 se refieren todos a una misma causa de muerte. Por ello creamos una taxonomía que nos permitió agrupar los diferentes términos utilizados en las diversas actas en un número limitado de categorías. La taxonomía puede ser consultada aquí. Los datos extraídos, anonimizados y clasificados según la taxonomía pueden ser consultados acá. Cabe mencionar que en algunas actas la causa registrada es posible COVID, en otras es simplemente COVID y en una mínima cantidad COVID confirmado. Para los fines de este análisis, todas ellas fueron agrupadas en la categoría COVID-19.

Hay 7 182 actas de defunción de la CDMX que mencionan COVID-19 como causa de muerte

La gráfica anterior muestra que en 7 198 de las 20 900 actas de defunción emitidas en abril y mayo de este año en la Ciudad de México (34 % del total) la causa de muerte correspondía a alguno de los términos incluidos en la categoría COVID-19. Este número contrasta con los 2 1396 fallecimientos reportados por la Dirección General de Epidemiología de la secretaría de Salud para la Ciudad de México durante el mismo período.

La gráfica también muestra que otras causas relacionadas al COVID-19, tales como insuficiencia respiratoria, neumonía atípica y neumonía viral aparecieron en un número significativo de actas.

Una misma acta de defunción puede mencionar varias causas de muerte de manera simultánea. La gráfica a continuación presenta la frecuencia de coocurrencia de las cuatro grandes categorías de causas de muerte utilizadas en este análisis. Por ejemplo, 2 893 actas de defunción (primera barra de izquierda a derecha) mencionan de manera simultánea alguna de las causas incluidas en las categorías de “neumonía atípica”,“insuficiencia respiratoria” y “COVID-19” pero no mencionan “neumonía viral”.

Total de actas por causa

En total, 4 041 actas mencionan de manera simultánea alguna de las causas de muerte agrupadas en las categorías de “COVID-19”7 y “neumonía atípica” (sólas o acompañadas de otras causas). Sin embargo, una de cada cinco actas (786) que menciona alguna de las causas agrupadas en “neumonía atípica”, no menciona alguna de las agrupadas en la categoría de “COVID-19”.8 La misma lógica es aplicable a una de cada diez actas (63) en las que las causas de defunción solo incluyen “neumonía viral”.

Tomando en cuenta lo anterior, decidimos calcular el número total de actas en donde se mencionan “COVID-19” y una combinación más amplia de causas (“COVID-19”, o neumonía atípica, o neumonía viral) los dos meses de analizados. En abril, el 23 % (1 980) de las actas mencionan a “COVID-19”. Para mayo, esta cifra casi se duplica, convirtiéndose en el 42 % (5 218). El acumulado de decesos que mencionan “COVID-19” como causa durante estos dos meses es de 7 198. Cuando agregamos a la cuenta los casos en los que “neumonía atípica” o “neumonía viral” son mencionados, esta cifra se eleva a 8 039 (o 38 %).

¿En cuántas actas de defunción se menciona a COVID-19?

Al contrastar el número de actas que mencionan alguna causa contenida en las categorías “COVID-19”, “neumonía atípica”o “neumonía viral” (2 269 para abril y 5 770 para mayo) con el exceso de mortalidad calculado por Romero y Despeghel para esos meses (2 429 para abril y 7 395 para mayo), encontramos que nuestra cifra para mayo difiere significativamente. El dato que nosotros reportamos fue calculado usando las actas de defunción hasta el 25 de mayo, mientras que el exceso de mortalidad reportado por Romero y Despeghel considera el mes completo. Suponiendo que la última semana del mes de mayo se comporta como el promedio de las primeras tres, estimamos que nuestra cifra llegaría a 7 154 defunciones para el mes completo —en línea con el resultado encontrado anteriormente.

Una curva alternativa. Abril 1.º 2020 - mayo 25 2020, CDMX

¿Cómo se comparan estos datos con las cifras oficiales para la Ciudad de México? Si consideramos el número acumulado de actas de defunción emitidas entre el 1 de abril y el 25 de mayo y que mencionan COVID-19 como una de las causas de fallecimiento (línea naranja en el panel superior en la gráfica de arriba), la cifra (7 198) es tres veces mayor al número de fallecimientos confirmados registrados por la Dirección General de Epidemiología en el mismo periodo para esta entidad. De forma similar, la curva de fallecimientos diarios es sustantivamente más alta que la que se reporta de manera oficial (línea naranja en el panel inferior en la gráfica de arriba), con un máximo el 18 de mayo. La serie de tiempo de casos diarios puede ser consultada aquí.

Este análisis confirma la discrepancia que en este momento existe entre los datos reportados de manera oficial y los datos en las actas de defunción emitidas por los juzgados de la Ciudad de México. Esta discrepancia fue anticipada explícitamente por las autoridades federales. Nuestro interés es ofrecer información preliminar que permita cuantificar la magnitud de esta brecha, así como hacer notar la importancia de contar con datos abiertos para poder comprender la verdadera magnitud del fenómeno de COVID-19 en la Ciudad de México. Entre mejor estemos informados los ciudadanos, mejores decisiones podremos tomar para protegernos a nosotros mismos y a los demás. En este momento, la mejor política de salud pública es la transparencia.

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